WhatsUp Gold 監控應用程式功能的設定步驟非常簡單，一開始要選擇設定檔，以便擷取必要的資料點，進而了解指定應用程式類型的效能、健全狀況和狀態。應用程式設定檔將元件、獨立應用程式以及相關臨界值分組，以便將資料點擷取後構成藍圖，建立各個應用程式實例，由這些實例主動監控您的應用程式。
Ipswitch 在您成功安裝 WhatsUp Gold 後有提供多種設定檔，不過您也可以從 WUGSpace 社群網站下載。除此之外，您也可以建立自己的應用程式設定檔，並且分享到 WUGSpace 社群網站。
擁有必要的設定檔之後，您就可以自動搜尋應用程式，並且針對每個搜尋到的應用程式建立實例。您也可以在開始監控之前，手動建立並修改各個實例。